Podlega Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Olsztynie, która prowadzi nadzór i koordynuje działania na swoim terenie.

Nadleśniczy kieruje całokształtem działalności nadleśnictwa na zasadzie jednoosobowego kierownictwa i ponosi za nią pełną odpowiedzialność, a także reprezentuje nadleśnictwo na zewnątrz. Nadleśniczy wydaje zarządzenia i decyzje obowiązujące na obszarze nadleśnictwa.
     
Zastępca nadleśniczego odpowiada za całokształt spraw związanych z gospodarką leśną w Nadleśnictwie, kieruje także pracą leśniczych terenowych i leśniczego szkółkarza.    

Do działu Gospodarki Leśnej należy prowadzenie spraw związanych z planowaniem, organizacją, koordynacją i nadzorem w zakresie: zagospodarowania i ochrony lasu, urządzania lasu, łowiectwa, użytkowania lasu oraz sprzedaży drewna i użytków ubocznych. Dział Gospodarki Leśnej prowadzi sprawy związane ze stanem posiadania i ewidencją gruntów, udostępnianiem lasu, ekologią i edukacją leśną oraz nadzorem nad lasami nie stanowiącymi własności Skarbu Państwa - w zakresie powierzonym przez starostę.

Dział Finansowo–Księgowy kierowany jest przez głównego księgowego. Do zadań Działu Finansowo-Księgowego należy w szczególności prowadzenie ewidencji i formalno-rachunkowej kontroli dokumentów, sporządzanie planów finansowych, analiz i sprawozdawczości, rozliczanie działalności gospodarczej, administracyjnej i dodatkowej, egzekwowanie należności wewnętrznych  i regulowanie zobowiązań.
 

Dział Administracyjno Gospodarczy kierowany jest przez Sekretarza, który jest odpowiedzialny za sprawy związane z obsługą administracyjną nadleśnictwa, remontami, zakupami, transportem, umowami dzierżaw i najmu mieszkań, podatkami lokalnymi, organizacją i realizacją zamówień publicznych, a także koordynacją spraw dotyczących instrukcji kancelaryjnej i archiwalnej oraz prowadzeniem spraw związanych z inwentaryzacją składników majątkowych nadleśnictwa.

Samodzielne stanowiska pracy:

Inżynier nadzoru sprawuje kontrolę funkcjonalną w nadleśnictwie w zakresie prawidłowości wykonania czynności gospodarczych w nadleśnictwie, wydaje zalecenia w trybie określonym przez nadleśniczego oraz zgodnie z zakresem kontroli leśnictw.

Specjalista do spraw pracowniczych i płac – prowadzi całokształt spraw kadrowo-płacowych w rozumieniu kodeksu pracy, PUZP dla pracowników PGL LP oraz innych unormowań prawnych obowiązujących w tym zakresie. Zajmuje się zagadnieniami z zakresu militaryzacji i obronności.

Do zadań Posterunku Straży Leśnej należy: prowadzenie spraw związanych z analizą stanu zagrożenia szkodnictwem leśnym, zapobieganiem, zwalczaniem przestępstw i wykroczeń w zakresie szkodnictwa leśnego.

Podstawową jednostką terenową w nadleśnictwie są leśnictwa, w której bezpośrednio prowadzona jest gospodarka leśna. Leśnictwem kieruje leśniczy. Do zadań leśniczego należy całokształt spraw związanych z prowadzeniem gospodarki leśnej w leśnictwie, za którą ponosi pełną odpowiedzialność. Leśniczy odpowiada materialnie za powierzone mienie. Leśniczemu podlega bezpośrednio podleśniczy.

W skład Nadleśnictwa Wichrowo wchodzą leśnictwa:

1. Runowo
2. Łaniewo
3. Wielki Targ
4. Miłogórze
5. Kłębowo
6. Kaźmierowo                              Podstawową jednostką terenową w nadleśnictwie są leśnictwa
7. Piotraszewo
8. Gajnica
9. Kochanówka
10. Biały Krzyż
11. Dwa Stawy
12. Sarny
Adresy i telefony do poszczególnych leśnictwa znajdują się w Zakładce kontakty.
 

Leśniczy szkółkarz prowadzi całokształt prac związanych z produkcją materiału sadzeniowego na szkółce leśnej.